La Bandera Nacional se compone de dos franjas horizontales color azul, e interpuesta entre ellas otra franja blanca, en un paralelogramo de tela que oficialmente mide 3.35 metros de largo por 1.89 de ancho. Las franjas tienen un ancho de 0.63.

Adoptada por Decreto del Poder Legislativo el 17 de mayo de 1912, es la misma de la Federación Centroamericana, decretada por la Asamblea Nacional Constituyente, el 21 de agosto de 1823. Fue juramentada en el Campo de Marte el 15 de septiembre del mismo año de 1912, al ser izada personalmente por el entonces Presidente de la República, Dr. Manuel Enrique Araujo.

Las cinco repúblicas que se independizaron el 15 de septiembre de 1821 adoptaron el 21 de agosto de 1823 una Bandera. Los colores azul y blanco fueron escogidos por Manuel José Arce. Hoy en día, las banderas de los cinco paises que se centroamericanos mantienen esos colores, como recuerdo del primer emblema que simbolizó su libertad.  

Anteriormente, por decreto ejecutivo de 28 de abril de 1865, que fue autorizado por la Asamblea, se había adoptado una bandera de cinco franjas azules y cuatro blancas, con 14 estrellas blancas que en el ángulo superior simbolizaban los 14 departamentos de la República. Al principio, sólo eran 9 estrellas, por los departamentos de San Salvador, Santa Ana, San Miguel, Sonsonate, San Vicente, La Paz, La Libertad, Chalatenango y Cuscatlán, pero a medida que se fueron creando otros departamentos se le aumentaron las estrellas hasta el número de 14 en 1875.